Храм во имя святого равноапостольного князя Владимира в Старых Садех (с приделами святых благоверных князей Бориса и Глиба и мучеников Кирика и Иулитты) является одним из древнейших Московских храмов.
Первый храм в Москве, посвященный крестителю Руси, построен в загородном княжеском имении великого князя Василия I Димитриевича между 1407 и 1417 годом. Возможно, строительство было связано с 400-летием со дня кончины князя Владимира (1015 год). Вероятнее всего, храм был деревянный.
Название «в Садех» — церковь святого князя Владимира носит потому, что в XIV–XV веках в этой местности находились Великокняжеские сады.
В 1514–1516 годах по указанию великого князя Василия III Ивановича на месте деревянного храма святого князя Владимира итальянцем Алевизом Фрязином строится новый – каменный.
«Тоя же весны благоверный и христолюбивый князь великий Василий Иванович всея Руси со многим желанием и верою повеле заложити и сделати церкви каменные и кирпичные в Москве: на Большом посаде за торгом церковь Введение святыя Богородицы да церковь Володимир святый в Садех… а … мастер Алевиз Фрязин…» Храм был окончен и освящен 3 февраля 1516 года.
Алевизовский храм простоял полтора века. Во второй половине XVII века церковь перестроили. Существует мнение, что квадратный план основного четверика с трехапсидной частью, украшенной аркатурным завершением плоских ниш, южный перспективный портал – это результат сознательного обращения к формам существовавшего ранее алевизовского строения.
Время освящения вновь выстроенной церкви Владимира неизвестно, но придел святых Кирика и Иулитты упоминается в «ружной книге» 1677 года.
Полное окончание строительных работ и освящение придела святых Бориса и Глеба ученые историки относят к 1689 году, подтверждая это присутствием царевны Софии на освящении и у обедни в престольный праздник храма.
Со временем вид храма постепенно изменялся. В XVIII–XIX веках основными причинами ущерба были стихийные бедствия, обычно пожары.
В 1812 году, во время нашествия наполеоновских войск, церковь вновь пострадала от пожара. При церкви сгорело 16 дворов, в том числе дома священнослужителей. «Яко совсем не нужная, которая навсегда имеет остаться без прихода» церковь была «назначена к уничтожению».
Благодаря действительному статскому советнику Михаилу Волынскому, взявшему «исправить оную [церковь] на свой кошт», храм был спасен, и после ремонта – 19 октября 1819 года Владимирский придел был освящен митрополитом Московским и Коломенским Серафимом.
Так называемые «бабьи шерстяные ярмарки» проводились у стен Ивановского монастыря 28 и 29 августа (10 и11 сентября по новому стилю) и известны с середины XVII века. Монахини выставлял на продажу плоды своего кропотливого труда: пряжу, шерстяные изделия, шитьё золотом и серебром. Подмосковные крестьянки, собрав напряденную за зиму шерсть, остатки непроданного холста, шли толпами из деревни в Москву.
Ярмарочная толпа «...тесно запруживала весь проезд между Ивановским монастырем и Князе-Владимирской церковью, спускаясь по Ивановскому переулку к Варварским воротам… В ярмарочных палатках – груды разноцветных ситцев и пачки платков, миткаль и холстина, нитки. Далее идут палатки с шерстяными чулками, носками и варежками и, наконец, с шерстью, которую торговцы привозят сюда кипами.
По бокам церкви устраивались палатки со съестными припасами и сбитнем для крестьян, которые находились здесь почти целый день. Разносчики предлагают квас, витушки и хлеба, калачи и сайки, огурцы, яблоки, красные сливы, бессеменную грушу, новые орехи». Церковь св. Владимира с утра и до вечера не запиралась, потому что почти все приезжавшие торговцы-крестьяне служили в складчину на вырученные от продажи шерсти деньги молебны Крестителю Христову.
Церковные историки отмечают, что переступая временную границу, отделяющую старую Россию от советского времени, они оказываются в полной растерянности. Исчезают привычные источники летописания: приходская и консисторская переписка, метрические, исповедные книги и клировые ведомости. Церковь отделена от государства и как бы выносится за пределы общественной жизни.
Все священники, служившие в храме после Октябрьского переворота претерпели гонения от властей. Протоиереи Александр Покровский и Владимир Амбарцумов, расстрелянные в Бутово в 1937 году, причислены к лику Новомучеников Церкви Русской. Последний настоятель — священник Сергий Борделиус (в монашестве Феодор) служил во Владимирском храме с 1927 года. Арестованный в начале 1932 года, он скончался в Бутырской тюрьме 7 апреля (на праздник Благовещения) во время следствия. После о. Сергия Борделиуса с мая 1932 года во Владимирском храме служил рязанский священник Евгений Климентовский. После его ареста в январе 1933 года храм закрыли.
В изуродованном виде — лишенная глав и внутреннего убранства — церковь простояла до 70-х годов, когда к Московской Олимпиаде 1980 года началась медленная реставрация. В конце 1990 года храм был передан Православной общине. Освящение храма св. князя Владимира и первое богослужение в нем состоялось 24 мая 1991 года в день памяти святых равноапостольных Кирилла и Мефодия, учителей Словенских.